通過以前對mysql的操作經驗，先將mysql的配置問題排除了，查看msyql是否運行正常，通過查看mysql data目錄裡面的*.err文件(將擴展名改為.txt)記事本查看即可。如果過大不建議用記事本了，容易死掉，可以用editplus等工具
簡單的分為下面幾個步驟來解決這個問題：
1、mysql運行正常，也有可能是同步設置問題導致
2、如果mysql運行正常，那就是php的一些sql語句導致問題發現，用root用戶進入mysql管理
mysql -u root -p
輸入密碼
mysql:
show processlist 語句，查找負荷最重的 SQL 語句，優化該SQL，比如適當建立某字段的索引。
通過這個命令我看到原來是有人惡意刷搜索，因為dedecms搜索後面調用搜索最高的詞，導致很多人用工具刷這個，而且是定時有間隔的，所以將這個php程序改名跳轉都方法解決了。
當然如果你的確實是sql語句用了大量的group by等語句，union聯合查詢等肯定會將mysql的占用率提高。所以就需要優化sql語句，網站盡量生成靜態的，一般4W ip的靜態網站，mysql占用率幾乎為0的。所以這對於程序員的經驗是個考慮。盡量提高mysql性能 (MySQL 性能優化的最佳20多條經驗分享)
下面是收集的文章，大家都可以參考下
MYSQL CPU 占用 100% 的現象描述
早上幫朋友一台服務器解決了 Mysql cpu 占用 100% 的問題。稍整理了一下，將經驗記錄在這篇文章裡
朋友主機(Windows 2003 + IIS + PHP + MYSQL )近來 MySQL 服務進程 (mysqld-nt.exe) CPU 占用率總為 100% 高居不下。此主機有10個左右的 database, 分別給十個網站調用。據朋友測試，導致 mysqld-nt.exe cpu 占用奇高的是網站A，一旦在 IIS 中將此網站停止服務，CPU 占用就降下來了。一啟用，則馬上上升。
MYSQL CPU 占用 100% 的解決過程
今天早上仔細檢查了一下。目前此網站的七日平均日 IP 為2000，PageView 為 3萬左右。網站A 用的 database 目前有39個表，記錄數 60.1萬條，占空間 45MB。按這個數據，MySQL 不可能占用這麼高的資源。
於是在服務器上運行命令，將 mysql 當前的環境變量輸出到文件 output.txt：
d:\web\mysql> mysqld.exe --help >output.txt
發現 tmp_table_size 的值是默認的 32M，於是修改 My.ini, 將 tmp_table_size 賦值到 200M:
d:\web\mysql> notepad c:\windows\my.ini
[mysqld]
tmp_table_size=200M
然後重啟 MySQL 服務。CPU 占用有輕微下降，以前的CPU 占用波形圖是 100% 一根直線，現在則在 97%~100%之間起伏。這表明調整 tmp_table_size 參數對 MYSQL 性能提升有改善作用。但問題還沒有完全解決。
於是進入 mysql 的 shell 命令行，調用 show processlist, 查看當前 mysql 使用頻繁的 sql 語句：
mysql> show processlist;
反復調用此命令，發現網站 A 的兩個 SQL 語句經常在 process list 中出現，其語法如下：
SELECT t1.pid, t2.userid, t3.count, t1.date
FROM _mydata AS t1
LEFT JOIN _myuser AS t3 ON t1.userid=t3.userid
LEFT JOIN _mydata_body AS t2 ON t1.pid=t3.pid
ORDER BY t1.pid
LIMIT 0,15
調用 show columns 檢查這三個表的結構 :
mysql> show columns from _myuser;
mysql> show columns from _mydata;
mysql> show columns from _mydata_body;
終於發現了問題所在：_mydata 表，只根據 pid 建立了一個 primary key，但並沒有為 userid 建立索引。而在這個 SQL 語句的第一個 LEFT JOIN ON 子句中：
LEFT JOIN _myuser AS t3 ON t1.userid=t3.userid
_mydata 的 userid 被參與了條件比較運算。於是我為給 _mydata 表根據字段 userid 建立了一個索引：
mysql> ALTER TABLE `_mydata` ADD INDEX ( `userid` )
建立此索引之後，CPU 馬上降到了 80% 左右。看到找到了問題所在，於是檢查另一個反復出現在 show processlist 中的 sql 語句：
SELECT COUNT(*)
FROM _mydata AS t1, _mydata_key AS t2
WHERE t1.pid=t2.pid and t2.keywords = '孔雀'
經檢查 _mydata_key 表的結構，發現它只為 pid 建了了 primary key, 沒有為 keywords 建立 index。_mydata_key 目前有 33 萬條記錄，在沒有索引的情況下對33萬條記錄進行文本檢索匹配，不耗費大量的 cpu 時間才怪。看來就是針對這個表的檢索出問題了。於是同樣為 _mydata_key 表根據字段 keywords 加上索引:
mysql> ALTER TABLE `_mydata_key` ADD INDEX ( `keywords` )
建立此索引之後，CPU立刻降了下來，在 50%~70%之間震蕩。
再次調用 show prosslist，網站A 的sql 調用就很少出現在結果列表中了。但發現此主機運行了幾個 Discuz 的論壇程序， Discuz 論壇的好幾個表也存在著這個問題。於是順手一並解決，cpu占用再次降下來了。(2007.07.09 附注：關於 discuz 論壇的具體優化過程，我後來另寫了一篇文章，詳見：千萬級記錄的 Discuz! 論壇導致 MySQL CPU 100% 的 優化筆記 http://www.xiaohui.com/dev/server/20070701-discuz-mysql-cpu-100-optimize.htm)
解決 MYSQL CPU 占用 100% 的經驗總結
增加 tmp_table_size 值。mysql 的配置文件中，tmp_table_size 的默認大小是 32M。如果一張臨時表超出該大小，MySQL產生一個 The table tbl_name is full 形式的錯誤，如果你做很多高級 GROUP BY 查詢，增加 tmp_table_size 值。 這是 mysql 官方關於此選項的解釋：
tmp_table_size
This variable determines the maximum size for a temporary table in memory. If the table becomes too large, a MYISAM table is created on disk. Try to avoid temporary tables by optimizing the queries where possible, but where this is not possible, try to ensure temporary tables are always stored in memory. Watching the processlist for queries with temporary tables that take too long to resolve can give you an early warning that tmp_table_size needs to be upped. Be aware that memory is also allocated per-thread. An example where upping this worked for more was a server where I upped this from 32MB (the default) to 64MB with immediate effect. The quicker resolution of queries resulted in less threads being active at any one time, with all-round benefits for the server, and available memory.
對 WHERE, JOIN, MAX(), MIN(), ORDER BY 等子句中的條件判斷中用到的字段,應該根據其建立索引 INDEX。索引被用來快速找出在一個列上用一特定值的行。沒有索引，MySQL不得不首先以第一條記錄開始並然後讀完整個表直到它找出相關的行。表越大，花費時間越多。如果表對於查詢的列有一個索引，MySQL能快速到達一個位置去搜尋到數據文件的中間，沒有必要考慮所有數據。如果一個表有1000行，這比順序讀取至少快100倍。所有的MySQL索引(PRIMARY、UNIQUE和INDEX)在B樹中存儲。
根據 mysql 的開發文檔:
索引 index 用於：
快速找出匹配一個WHERE子句的行
當執行聯結(JOIN)時，從其他表檢索行。
對特定的索引列找出MAX()或MIN()值
如果排序或分組在一個可用鍵的最左面前綴上進行(例如，ORDER BY key_part_1,key_part_2)，排序或分組一個表。如果所有鍵值部分跟隨DESC，鍵以倒序被讀取。
在一些情況中，一個查詢能被優化來檢索值，不用咨詢數據文件。如果對某些表的所有使用的列是數字型的並且構成某些鍵的最左面前綴，為了更快，值可以從索引樹被檢索出來。
假定你發出下列SELECT語句：
mysql> SELECT * FROM tbl_name WHERE col1=val1 AND col2=val2;
如果一個多列索引存在於col1和col2上，適當的行可以直接被取出。如果分開的單行列索引存在於col1和col2上，優化器試圖通過決定哪個索引將找到更少的行並來找出更具限制性的索引並且使用該索引取行。
開發人員做 SQL 數據表設計的時候，一定要通盤考慮清楚。
