利用JNI，可丟棄、捕捉、打印以及重新丟棄Java異常，就象在一個Java程序裡那樣。但對程序員來說，需自行調用專用的JNI函數，以便對異常進行處理。下面列出用於異常處理的一些JNI函數：
■Throw()：丟棄一個現有的異常對象；在固有方法中用於重新丟棄一個異常。
■ThrowNew()：生成一個新的異常對象，並將其丟棄。
■ExceptionOccurred()：判斷一個異常是否已被丟棄，但尚未清除。
■ExceptionDescribe()：打印一個異常和堆棧跟蹤信息。
■ExceptionClear()：清除一個待決的異常。
■FatalError()：造成一個嚴重錯誤，不返回。
在所有這些函數中，最不能忽視的就是ExceptionOccurred()和ExceptionClear()。大多數JNI函數都能產生異常，而且沒有象在Java的try塊內的那種語言特性可供利用。所以在每一次JNI函數調用之後，都必須調用ExceptionOccurred()，了解異常是否已被丟棄。若偵測到一個異常，可選擇對其加以控制（可能時還要重新丟棄它）。然而，必須確保異常最終被清除。這可以在自己的函數中用ExceptionClear()來實現；若異常被重新丟棄，也可能在其他某些函數中進行。但無論如何，這一工作是必不可少的。
我們必須保證異常被徹底清除。否則，假若在一個異常待決的情況下調用一個JNI函數，獲得的結果往往是無法預知的。也有少數幾個JNI函數可在異常時安全調用；當然，它們都是專門的異常控制函數。
