1、使用myisam而不是innodb
mysql教程有很多數據庫教程引擎，但是你最可能碰到的就是myisam和innodb。
mysql默認使用的是myisam。但是，很多情況下這都是一個很糟糕的選擇，除非你在創建一個非常簡單抑或實驗性的數據庫。外鍵約束或者事務處理對於數據完整性是非常重要的，但myisam都不支持這些。另外，當有一條記錄在插入或者更新時，整個數據表都被鎖定了，當使用量增加的時候這會產生非常差的運行效率。
結論很簡單：使用innodb。
2、使用php教程的mysql函數
php自產生之日就提供了mysql庫函數（or near as makes no difference）。很多應用仍然在使用類似mysql_connect、mysql_query、mysql_fetch_assoc等的函數，盡管php手冊上說：
如果你在使用mysql v4.1.3或者更新版本，強烈推薦使用您使用mysqli擴展。
mysqli（mysql的加強版擴展）有以下幾個優點：
可選的面向對象接口
prepared表達式，這有利於阻止sql注入攻擊，還能提高性能
支持更多的表達式和事務處理
另外，如果你想支持多種數據庫系統，你還可以考慮pdo。
3、沒有處理用戶輸入
這或者可以這樣說#1：永遠不要相信用戶的輸入。用服務器端的php驗證每個字符串，不要寄希望與網頁特效。最簡單的sql注入攻擊會利用如下的代碼：
view sourceprint?1 $username = $_post["name"];
2 $password = $_post["password"];
3 $sql = "select userid from usertable where username='$username' and password='$password';";
4 // run query...
只要在username字段輸入“admin';--”，這樣就會被黑到，相應的sql語句如下：
view sourceprint?1 select userid from usertable where username='admin';
狡猾的黑客可以以admin登錄，他們不需要知道密碼，因為密碼段被注釋掉了。
4、沒有使用utf-8
美國、英國和澳大利亞的我們很少考慮除英語之外的其他語言。我們很得意地完成了自己的“傑作”卻發現它們並不能在其他地方正常運行。
utf-8解決了很多國際化問題。雖然在php v6.0之前它還不能很好地被支持，但這並不影響你把mysql字符集設為utf-8。
5、相對於sql，偏愛php
如果你接觸mysql不久，那麼你會偏向於使用你已經掌握的語言來解決問題，這樣會導致寫出一些冗余、低效率的代碼。比如，你不會使用mysql自帶的avg()函數，卻會先對記錄集中的值求和然後用php循環來計算平均值。
此外，請注意php循環中的sql查詢。通常來說，執行一個查詢比在結果中迭代更有效率。
所以，在分析數據的時候請利用數據庫系統的優勢，懂一些sql的知識將大有裨益。
6、沒有優化數據庫查詢
99%的php性能問題都是由數據庫引起的，僅僅一個糟糕的sql查詢就能讓你的web應用徹底癱瘓。mysql的explain statement、query profiler，還有很多其他的工具將會幫助你找出這些萬惡的select。
7、不能正確使用數據類型
mysql提供了諸如numeric、string和date等的數據類型。如果你想存儲一個時間，那麼使用date或者datetime類型。如果這個時候用integer或者string類型的話，那麼將會使得sql查詢非常復雜，前提是你能使用integer或者string來定義那個類型。
很多人傾向於擅自自定義一些數據的格式，比如，使用string來存儲序列化的php對象。這樣的話數據庫管理起來可能會變得簡單些，但會使得mysql成為一個糟糕的數據存儲而且之後很可能會引起故障。
8、在查詢中使用*
永遠不要使用*來返回一個數據表所有列的數據。這是懶惰：你應該提取你需要的數據。就算你需要所有字段，你的數據表也不可避免的會產生變化。
9、不使用索引或者過度使用索引
一般性原則是這樣的：select語句中的任何一個where子句表示的字段都應該使用索引。
舉個例子，假設我們有一個user表，包括numeric id（主鍵）和email address。登錄的時候，mysql必須以一個email為依據查找正確的id。如果使用了索引的話（這裡指email），那麼mysql就能夠使用更快的搜索算法來定位email，甚至可以說是即時實現。否則，mysql就只能順序地檢查每一條記錄直到找到正確的email address。
有的人會在每個字段上都添加索引，遺憾的是，執行了insert或者update之後這些索引都需要重新生成，這樣就會影響性能。所以，只在需要的時候添加索引。
10、忘記備份！
雖然比較罕見，但是數據庫還是有崩潰的危險。硬盤有可能損壞，服務器有可能崩潰，web主機提供商有可能會破產！丟失mysql數據將會是災難性的，所以請確保你已經使用了自動備份或者已經復制到位。
11、bonus mistake-不考慮使用其他數據庫
對於php開發人員來說，mysql可能是使用最廣泛的數據庫系統，但並不是唯一的選擇。postgresql和firebird是最強有力的競爭者：這個兩者都是開源的，而且都沒有被公司收購。微軟提供了sql server express，甲骨文提供了10g express，這兩者都是企業級數據庫的免費版本。有時候，對於一個較小的web應用或者嵌入式應用，sqlite也不失為一個可行的替代方案
